Las relaciones entre Uganda y la vecina República Democrática de Congo nunca han sido cordiales, sobre todo desde que Uganda participara en la guerra que asoló la parte Este de Congo en la segunda mitad de los años 90. Uganda –como Ruanda– siempre ha acusado a su vecino congoleño de albergar en su territorio a grupos rebeldes armados, lo cual le sirvió como excusa para enviar tropas. Congo, por su parte, acusó a Uganda de saquear sus riquezas naturales durante la guerra. En diciembre de 2005, el Tribunal Internacional de La Haya declaró a Uganda culpable, y desde entonces la R. D. de Congo insiste en que Uganda tiene que pagar una indemnización de 6.000 millones de dólares, algo a lo que el Gobierno de Museveni se ha negado a hacer.

Los conflictos latentes terminan por despertar tarde o temprano, y esto es lo que ha ocurrido desde finales de julio entre ambos países. El 20 de ese mes el Ejército congoleño detuvo a cuatro soldados ugandeses mientras patrullaban en barca el lago Alberto, frontera entre ambos países. El 3 de agosto soldados de Congo abrieron fuego contra una barcaza de la compañía canadiense Heritage Oil, una de las dos –junto con la irlandesa Tuwoll– que ha comenzado este año la extracción de petróleo en el lago. Un empleado británico de Heritage resultó muerto.

Una semana más tarde, una banda armada procedente de Congo atacó también el puesto fronterizo de Butogota, en Uganda. Durante esta escaramuza murieron tres civiles. Según algunas versiones, los atacantes habrían sido ruandeses interahamwe que operan en Congo desde que huyeran de su país en 1994. Según otras fuentes, serían rebeldes tutsis congoleños al mando del general disidente Laurent Nkunda, apoyados por Ruanda.

Uno de los centros de la disputa es la isla de Rukwanzi, en medio del lago Alberto. Ambos países la reclaman como suya. El 8 de agosto, tras una reunión entre los altos mandos militares congoleños y ugandeses, Congo liberó a los cuatro soldados de su país vecino. También han realizado una intensa labor diplomática los ministros de Exteriores de ambos países y está prevista una reunión entre los presidentes Kabila y Museveni.

 Detrás de esta disputa, la R. D. de  Congo sospecha que el principal oponente de Kabila, Jean-Pierre Bemba, exiliado en Portugal después de una serie de incidentes tras perder las elecciones de noviembre de 2006, podría ser apoyado por Uganda para intentar regresar al país encabezando una rebelión, algo que Uganda niega, pero que le costará demostrar, ya que durante la guerra las milicias de Bemba fueron entrenadas y apoyadas por el Ejército ugandés.

 Para terminar de complicar las cosas, en el Este del Congo se ha recrudecido la violencia en los últimos meses, sobre todo por ataques causados por la guerrilla del general Nkunda, supuestamente contra elementos interahamwe, que ha causado el desplazamiento de 170.000 personas.

José Carlos Rodríguez